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Nelle ore successive alla presentazione del prodotto da parte di Apple, Cisco Systems ha rivendicato la proprietà del marchio iPhone negli USA, utilizzato per una linea di prodotti wireless dedicati al Voip prodotti da Linksys, società acquisita da Cisco Systems nel 2003.

Apple sostiene che, data la diversa natura dei due prodotti, non vi fosse conflitto sull'utilizzo dello stesso marchio. Nelle ore successive alla presentazione del prodotto da parte di Apple, Cisco Systems ha rivendicato la proprietà del marchio iPhone negli USA, utilizzato per una linea di prodotti wireless dedicati al Voip prodotti da Linksys, società acquisita da Cisco Systems nel 2003.

Apple sostiene che, data la diversa natura dei due prodotti, non vi fosse conflitto sull'utilizzo dello stesso marchio.

Poiché il marchio è registrato dal 1996, da parte di precedenti società poi acquisite da Cisco System, appare infondata l'ipotesi, ventilata da più parti, secondo cui Cisco Systems avrebbe registrato maliziosamente il marchio iPhone appositamente per rivendicare diritti sul marchio del prodotto Apple, il cui nome era trapelato ufficiosamente con voci sempre più insistenti già da diversi mesi.

Dopo un'iniziale fase in cui le società hanno annunciato offensive legali, le società hanno deciso di trovare un compromesso. Cisco e Apple utilizzeranno il nome iPhone per i loro prodotti a seguito di un accordo tra le società, i dettagli dell'accordo non sono noti.[42]

A fine giugno Apple ha acquisito da Michael Kovatch il dominio iphone.com. Kovatch aveva registrato il domino nel 1997 come sito di riferimento dello sua società la The Internet Phone Company. Apple ha cercato diverse volte da gennaio 2007 di acquisire il dominio ma Kovatch si è rifiutato di vendere il dominio fino a quando Apple non ha acconsentito a pagare un milione di dollari per esso.[43]

Critiche al sistema iPhone

• L'iPhone utilizza una tastiera virtuale per inserire i testi. Le tastiere virtuali non permettono di avere un ritorno tattile dei tasti premuti e quindi generalmente producono più errori di digitazione rispetto a una tastiera "fisica" di analoghe dimensioni. Il giornalista David Pogue del New York Times e Walt Mossberg del Wall Street Journal hanno esaminato il dispositivo per due settimane: entrambi inizialmente hanno avuto difficoltà a usare questa tastiera, ma dopo un periodo di apprendimento entrambi sono riusciti a utilizzare il dispositivo in modo soddisfacente. Inoltre hanno affermato che la chiave del successo del sistema è il sistema di predizione del testo integrato del telefono.
• Quando non si è in presenza di una rete Wi-Fi il telefono utilizza la rete telefonica con il protocollo EDGE per comunicare. Questo protocollo fornisce una velocità inferiore a una connessione UMTS. Il cronista del New York Times ha definito "frustrante" la navigazione con la rete EDGE: il caricamento della home page di Yahoo può richiedere anche più di 100 secondi e la rete non andava oltre i 40 Kbit al secondo, ovvero quanto un modem telefonico su una linea rumorosa. Comunque appena prima del lancio del telefono si è notato un incremento della velocità delle rete EDGE che è arrivata anche a 200 Kbit. Si ritiene che questo sia stato svolto da AT&T per fornire agli utenti iPhone una migliore velocità di navigazione.
  La batteria è di tipo non sostituibile se non tramite l'assistenza Apple.[25] Apple comunque il giorno dopo la messa in vendita del dispositivo ha presentato il piano di sostituzione della batteria. Se la batteria mostra una capacità inferiore al 50% di quella iniziale e il telefono è in garanzia la sostituzione è gratuita, altrimenti la sostituzione costa 85 dollari compresa di spese di spedizione.

Il dispositivo potrà utilizzare applicazioni di terze parti che si interfacceranno via web con il dispositivo. I programmi di terze parti quindi dovranno utilizzare le tecniche messe a disposizione dal paradigma Web 2.0 e AJAX. Apple ha deciso di non permettere l'installazione di applicazioni non web per evitare problemi di sicurezza. Se molti dispositivi dovessero eseguire applicazioni corrotte o con virus potrebbero generare un elevato traffico che potrebbe mettere in crisi il gestore telefonico. L'utilizzo di applicazioni web non elimina il problema ma essendo queste eseguite all'interno di una sandbox protetta ne riduce la pericolosità.